Die dritte Staffel beginnt kurz nach dem Ende der zweiten Staffel: als sich der frisch ordinierte David und Kristen küssen. Die beiden müssen sich nicht nur mit dieser schwierigen neuen Realität auseinandersetzen, sondern müssen sich auch mit Davids Beteiligung an „dem Wesen“, einer Spionageeinheit innerhalb der katholischen Kirche, auseinandersetzen. Unterdessen stellt Ben fest, dass seine Gedanken aufgrund der ungelösten Fälle zerbrechen, und bittet seine Schwester um Hilfe.